כל פרק בספר זה בנוי בשלוש שכבות, ומותר לקרוא אותן יחד או כל אחת לעצמה.
השכבה הראשונה היא הסיפור: האישה, התנין, המדבר, מסופרים כדרך שציירם יוחנן ובדימויים שמהם הוא שואב. הקורא שכבה זו בלבד קורא ספר רצוף ומלוכד מראשיתו ועד סופו.
השכבה השנייה היא הסיום הפסטורלי שבו נחתם כל פרק: מה משמעו של הנקרא למי שקורא אותו, כאן ועכשיו.
אחר כך באה, מובדלת תמיד בבירור בסימן "∙ ∙ ∙", השכבה השלישית: מסגרת הפותחת במילה העמקה. כאן פרושה העבודה הטכנית — לשון המקור, ספירות המילים, הסימונים, הקולות הנגדיים, גבולותיה הכנים של קריאה. המבקש את פרטי הפרטים ימצאם כאן. המבקש להמשיך אחר הסיפור יכול לדלג על מסגרות ה"העמקה" בלי לאבד את החוט; אין בהן דבר שהסיפור זקוק לו כדי להתקדם.
הסימונים בקצרה. ארבעת הסימונים החוזרים במסגרות ה"העמקה" פירושם:
מתועד היטב — קשה, בר־ספירה, או נאמר בכתוב עצמו;
שקול — נישא בכוח, אך אין בו ראיה כופה;
שנוי במחלוקת — קוראים זהירים חלוקים עליו;
השערתי / מסגרת — פירוש החורג מן הכתוב עצמו.
הכתיב. ציטוטי הכתובים באים נטויים, בין מירכאות. מילים יווניות באות בתעתיק לטיני נטוי (katepien, hetoimazō), ומילים עבריות נושאות־משקל באות בניקודן (מִדְבָּר, מִקְלָט); המשמעות נלווית בפעם הראשונה, והמונחים הנושאים מוסברים בסוף הספר ברשימת המונחים. שם ההוויה נכתב במלואו: יהוה. "מירכאות זוויתיות" מקיפות ציטוט קצר או מונח מפתח בתוך המשפט הרץ. הפניה כגון "ראה חלק ה׳" מכוונת אל חלק מאוחר יותר בספר זה, שבו נפרש חוט הלאה.
בסוף הספר שני כלי עזר: הקונקורדנציה הראשית (ספירות המילים שמסגרות ה"העמקה" נסמכות עליהן, עם מראי המקום שלהן) ורשימת המונחים (המונחים העבריים, היווניים והטכניים, לפי סדר האלף־בית).
כל פרק בספר זה בנוי בשלוש שכבות, ומותר לקרוא אותן יחד או כל אחת לעצמה.
השכבה הראשונה היא הסיפור: האישה, התנין, המדבר, מסופרים כדרך שציירם יוחנן ובדימויים שמהם הוא שואב. הקורא שכבה זו בלבד קורא ספר רצוף ומלוכד מראשיתו ועד סופו.
השכבה השנייה היא הסיום הפסטורלי שבו נחתם כל פרק: מה משמעו של הנקרא למי שקורא אותו, כאן ועכשיו.
אחר כך באה, מובדלת תמיד בבירור בסימן "∙ ∙ ∙", השכבה השלישית: מסגרת הפותחת במילה העמקה. כאן פרושה העבודה הטכנית — לשון המקור, ספירות המילים, הסימונים, הקולות הנגדיים, גבולותיה הכנים של קריאה. המבקש את פרטי הפרטים ימצאם כאן. המבקש להמשיך אחר הסיפור יכול לדלג על מסגרות ה"העמקה" בלי לאבד את החוט; אין בהן דבר שהסיפור זקוק לו כדי להתקדם.
הסימונים בקצרה. ארבעת הסימונים החוזרים במסגרות ה"העמקה" פירושם:
מתועד היטב — קשה, בר־ספירה, או נאמר בכתוב עצמו;
שקול — נישא בכוח, אך אין בו ראיה כופה;
שנוי במחלוקת — קוראים זהירים חלוקים עליו;
השערתי / מסגרת — פירוש החורג מן הכתוב עצמו.
הכתיב. ציטוטי הכתובים באים נטויים, בין מירכאות. מילים יווניות באות בתעתיק לטיני נטוי (katepien, hetoimazō), ומילים עבריות נושאות־משקל באות בניקודן (מִדְבָּר, מִקְלָט); המשמעות נלווית בפעם הראשונה, והמונחים הנושאים מוסברים בסוף הספר ברשימת המונחים. שם ההוויה נכתב במלואו: יהוה. "מירכאות זוויתיות" מקיפות ציטוט קצר או מונח מפתח בתוך המשפט הרץ. הפניה כגון "ראה חלק ה׳" מכוונת אל חלק מאוחר יותר בספר זה, שבו נפרש חוט הלאה.
בסוף הספר שני כלי עזר: הקונקורדנציה הראשית (ספירות המילים שמסגרות ה"העמקה" נסמכות עליהן, עם מראי המקום שלהן) ורשימת המונחים (המונחים העבריים, היווניים והטכניים, לפי סדר האלף־בית).